Ktoś, kto szukał informacji o Lactobacillus reuteri kilka lat temu, dziś znajdzie inną nazwę: Limosilactobacillus reuteri. To nie pomyłka ani nowy gatunek. To skutek jednej z największych zmian nazewnictwa w mikrobiologii ostatnich lat, przeprowadzonej w 2020 roku. Poniżej wyjaśniamy, skąd wzięła się ta zmiana i dlaczego przy czytaniu etykiety znaczenie ma nie tyle nazwa gatunku, ile oznaczenie konkretnego szczepu.
Gdzie występuje ten gatunek
Limosilactobacillus reuteri to bakteria kwasu mlekowego, czyli mikroorganizm, który w procesie fermentacji wytwarza kwas mlekowy jako główny produkt przemian. Nazwa gatunkowa upamiętnia niemieckiego mikrobiologa Gerharda Reutera, który badał te bakterie w latach sześćdziesiątych XX wieku. Formalny opis gatunku opublikowali w 1980 roku Kandler, Stetter i Köhl.
Gatunek ten opisywano w przewodzie pokarmowym człowieka oraz wielu zwierząt, między innymi gryzoni, świń i drobiu. Bywa wykrywany także w jamie ustnej i w mleku kobiecym.
Więcej: Mikrobiota jelitowa – jak powstaje i co ją kształtuje przez całe życie
Spotyka się go także w środowiskach fermentacyjnych, na przykład w zakwasie chlebowym. Obecność w różnych niszach jest jednym z powodów, dla których gatunek stał się przedmiotem licznych badań.
Reklasyfikacja rodzaju Lactobacillus w 2020 roku
W kwietniu 2020 roku w czasopiśmie International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology ukazała się praca zespołu pod kierunkiem Jinshui Zhenga, dzieląca rodzaj Lactobacillus na dwadzieścia pięć rodzajów. Powstały wtedy dwadzieścia trzy nowe rodzaje, a opis samego rodzaju Lactobacillus został zawężony.
Jednym z nowo utworzonych rodzajów jest Limosilactobacillus, do którego przeniesiono między innymi gatunek reuteri. Człon nazwy nawiązuje do łacińskiego określenia opisującego śluzowaty charakter, co wiąże się z wytwarzaniem przez te bakterie egzopolisacharydów, czyli wielocukrów wydzielanych na zewnątrz komórki.
| Nazwa przed 2020 rokiem | Nazwa obowiązująca obecnie |
|---|---|
| Lactobacillus reuteri | Limosilactobacillus reuteri |
| Lactobacillus fermentum | Limosilactobacillus fermentum |
| Lactobacillus rhamnosus | Lacticaseibacillus rhamnosus |
| Lactobacillus casei | Lacticaseibacillus casei |
| Lactobacillus plantarum | Lactiplantibacillus plantarum |
| Lactobacillus acidophilus | Lactobacillus acidophilus (bez zmiany) |
Dlaczego naukowcy podzielili jeden rodzaj na kilkanaście
Rodzaj Lactobacillus rozrastał się przez ponad sto lat, od opisania na początku XX wieku. Z czasem obejmował ponad dwieście sześćdziesiąt gatunków o różnej biologii, od bakterii jelitowych po mikroorganizmy przemysłu spożywczego.
Rozwój metod analizy genomu, czyli całego materiału genetycznego komórki, pokazał skalę różnic wewnątrz tej grupy. Autorzy pracy z 2020 roku wskazali, że rozpiętość genetyczna w obrębie dawnego rodzaju Lactobacillus była większa niż ta spotykana zwykle w obrębie jednej rodziny bakterii.
W systematyce nazwa ma odzwierciedlać pokrewieństwo. Skoro organizmy nazywane wspólnym mianem różniły się od siebie bardziej niż wynikałoby to z ich klasyfikacji, podział był kwestią uporządkowania, a nie zmiany samych bakterii.
Co to oznacza dla konsumenta czytającego etykietę
Przede wszystkim tyle, że dwie różne nazwy mogą oznaczać ten sam mikroorganizm. Etykiety i materiały sprzed 2020 roku posługują się dawnym nazewnictwem, a część producentów podaje obie formy równolegle.
Zmiana nazwy nie oznacza zmiany właściwości bakterii ani konieczności powtarzania badań. To samo oznaczenie szczepu odnosi się do tego samego materiału biologicznego niezależnie od tego, jaka nazwa rodzajowa widnieje obok.
Praktyczna wskazówka jest prosta: przy porównywaniu produktów warto patrzeć na symbol szczepu, a nie wyłącznie na nazwę gatunku, ponieważ symbol pozostał ten sam.
Jak działa nazewnictwo mikroorganizmów
Rodzaj, gatunek, szczep
Nazwa bakterii składa się z trzech poziomów, coraz bardziej szczegółowych. Rodzaj to pierwszy człon nazwy łacińskiej, na przykład Limosilactobacillus. Gatunek to drugi człon, na przykład reuteri. Szczep to oznaczenie konkretnej, wyizolowanej linii bakterii, zwykle w postaci symbolu literowo-cyfrowego, na przykład DSM 15693.
Pomocna jest tu analogia do psów. Rodzaj odpowiada mniej więcej kategorii „pies”, gatunek konkretnej rasie, a szczep pojedynczemu psu z konkretnego miotu, z własną metryką i rodowodem.
Analogia pomaga zrozumieć jeszcze jedno. Dwa owczarki niemieckie należą do tej samej rasy, ale różnią się charakterem, wyszkoleniem i historią. Podobnie dwa szczepy tego samego gatunku bakterii mogą różnić się między sobą w sposób, którego nazwa gatunkowa nie oddaje.
Dlaczego szczep jest ważniejszy niż gatunek
To najważniejszy punkt tego tekstu. W mikrobiologii przyjmuje się, że cechy opisane w badaniach są właściwością konkretnego szczepu, a nie całego gatunku. Zasadę tę wprost formułuje stanowisko konsensusowe ISAPP z 2014 roku dotyczące probiotyków, opracowane przez International Scientific Association for Probiotics and Prebiotics, czyli międzynarodowe stowarzyszenie naukowe zajmujące się tą tematyką.
Wynika stąd konsekwencja, o której łatwo zapomnieć: obserwacji poczynionych dla jednego szczepu nie wolno przenosić na inny szczep tego samego gatunku. Dwa szczepy Limosilactobacillus reuteri mogą różnić się genomem, składem wytwarzanych metabolitów i zachowaniem w warunkach hodowli.
Dlatego sformułowanie w rodzaju „badania nad Limosilactobacillus reuteri wykazały” jest z metodologicznego punktu widzenia nieprecyzyjne. Poprawne odniesienie zawsze wskazuje konkretny szczep wraz z jego oznaczeniem.
Ta sama zasada dotyczy preparatów nieożywionych, czyli pozbawionych komórek zdolnych do namnażania. Definicja postbiotyku sformułowana przez ISAPP w 2021 roku wymaga identyfikacji mikroorganizmu źródłowego na poziomie szczepu, a nie gatunku.
Więcej: Postbiotyki – czym są i czym różnią się od probiotyków oraz prebiotyków
Skąd biorą się oznaczenia typu DSM
Symbole poprzedzone skrótem takim jak DSM, ATCC, CNCM czy LMG to numery katalogowe z kolekcji szczepów. Kolekcje to instytucje przechowujące wyizolowane linie mikroorganizmów i udostępniające je do badań oraz zastosowań przemysłowych.
Skrót DSM odsyła do niemieckiej kolekcji Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen z siedzibą w Braunschweigu. ATCC to amerykańska American Type Culture Collection, CNCM to francuska kolekcja prowadzona przez Instytut Pasteura, a LMG to kolekcja belgijska.
Zdeponowanie szczepu w kolekcji oznacza, że został on opisany i jest dostępny w powtarzalnej postaci. Numer katalogowy pełni funkcję identyfikatora: pozwala sprawdzić, czy publikacja naukowa i konkretny produkt odnoszą się do tej samej linii bakterii.
Więcej: Co oznacza symbol przy nazwie bakterii i dlaczego oznaczenie szczepu ma znaczenie
Przykładem produktu odwołującego się do takiego oznaczenia jest suplement diety THESYBIN, który zawiera OLINATI.MED® — sfermentowany szczep Limosilactobacillus reuteri DSM 15693, uzupełniony cynkiem i witaminą B5. Thesybin nie zawiera żywych bakterii.
Podsumowanie
Zmiana nazwy z Lactobacillus reuteri na Limosilactobacillus reuteri wynika z reklasyfikacji przeprowadzonej w 2020 roku, gdy dawny rodzaj Lactobacillus podzielono na dwadzieścia pięć rodzajów. Same bakterie się nie zmieniły, zmieniło się ich miejsce w systematyce.
Dla osoby czytającej etykietę praktyczne znaczenie ma przede wszystkim to, że starsze i nowsze materiały mogą używać różnych nazw dla tego samego mikroorganizmu. Symbol szczepu pozostaje przy tym niezmieniony.
Najistotniejsza pozostaje zasada, że opisane w badaniach cechy są właściwością konkretnego szczepu, a nie gatunku. Nazwa gatunkowa mówi, do jakiej grupy należy dana bakteria, ale nie zastępuje danych dotyczących konkretnej, oznaczonej linii.
FAQ
Czy Lactobacillus reuteri i Limosilactobacillus reuteri to to samo?
Tak, to ten sam gatunek pod dwiema nazwami. Pierwsza obowiązywała do reklasyfikacji z 2020 roku, druga jest nazwą aktualną. Zmiana dotyczyła wyłącznie przypisania do rodzaju i nie wiąże się z żadną zmianą samych bakterii.
Dlaczego na niektórych opakowaniach nadal widnieje stara nazwa?
Materiały drukowane i opisy publikowane przed 2020 rokiem posługują się dawnym nazewnictwem, a aktualizacja opakowań i stron internetowych zajmuje czas. Część producentów podaje obie nazwy równolegle, żeby ułatwić rozpoznanie produktu.
Czy wszystkie szczepy tego samego gatunku są takie same?
Nie. Szczepy jednego gatunku mogą różnić się genomem, składem wytwarzanych metabolitów i zachowaniem w hodowli. Z tego powodu obserwacje dotyczące jednego szczepu nie odnoszą się automatycznie do innych szczepów tego samego gatunku.
Co dokładnie oznacza numer przy nazwie szczepu?
To numer katalogowy z kolekcji mikroorganizmów, w której szczep został zdeponowany. Pozwala jednoznacznie zidentyfikować konkretną linię bakterii i sprawdzić, czy dana publikacja oraz opis produktu odnoszą się do tego samego materiału.
Źródła
- Zheng J., Wittouck S., Salvetti E. i wsp., A taxonomic note on the genus Lactobacillus: Description of 23 novel genera, emended description of the genus Lactobacillus Beijerinck 1901, and union of Lactobacillaceae and Leuconostocaceae, International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2020, t. 70, nr 4, s. 2782-2858.
- Hill C., Guarner F., Reid G. i wsp., Expert consensus document. The International Scientific Association for Probiotics and Prebiotics consensus statement on the scope and appropriate use of the term probiotic, Nature Reviews Gastroenterology & Hepatology, 2014, t. 11, nr 8, s. 506-514.
- Salminen S., Collado M.C., Endo A. i wsp., The International Scientific Association of Probiotics and Prebiotics (ISAPP) consensus statement on the definition and scope of postbiotics, Nature Reviews Gastroenterology & Hepatology, 2021, t. 18, nr 9, s. 649-667.
- Rozporządzenie Komisji (UE) nr 432/2012 z dnia 16 maja 2012 r. ustanawiające wykaz dopuszczonych oświadczeń zdrowotnych dotyczących żywności, innych niż oświadczenia odnoszące się do zmniejszenia ryzyka choroby oraz rozwoju i zdrowia dzieci.
- Kandler O., Stetter K.-O., Köhl R., Lactobacillus reuteri sp. nov., a new species of heterofermentative lactobacilli, Zentralblatt für Bakteriologie: I. Abt. Originale C, 1980, t. 1, nr 3, s. 264-269.
- Baza LPSN (List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature) prowadzona przez DSMZ, https://lpsn.dsmz.de, oraz katalogi kolekcji szczepów (DSMZ, ATCC, CNCM, LMG).